Nous nous trouvons dans un futur proche dans lequel règne une vie Pokémons anthropomorphiques. L'être humain a longtemps été fasciné par l'existence du Pokémon, ne serait ce que pour sa beauté, mais ce qui fascinait encore plus, c'était le potentiel destructeur. Depuis la nuit des temps, l'être humain n'a cessé d'exploiter le potentiel Pokémon en dressant ces puissantes créatures à titre de règne dans les compétitions, devenir le plus fort, le plus intelligent, celui qui entrainait le mieux les Pokémons qu'ils capturaient. Cette sensation d'être possédée à souvent partagé les Pokémons, mais cela ne semblait pas réveiller l'attention des Pokémons légendaires, c'était comme une loi de la nature qui s'était installée propice et sans objection.

Avec le temps, le relationnel entre humains et Pokémons s'est par ailleurs amélioré d'un coté, et détérioré de l'autre. En effet, la complexité de l'être humain fait que certain d'entre eux sont admiratifs et respectueux envers les Pokémons, d'autres en revanche, étaient plus tyraniques et sans cœur. Cette complexité et système d'équilibre expliquait le silence des Pokémons légendaires dont la puissance étaient digne d'un dieu.

Tout commence à Universalopolis lors d'une conférence de presse donné par un groupe de chercheurs, parmi eux, le professeur Eugène McDamon, brillant chercheur en médecine et excellent savant Pokémon qui tentait d'exploiter le potentiel Pokémon curatif sur les humains. Les recherches avancent et amènent à des résultats non négligeables, mais pas encore au point.

Le professeur McDamon est l'un des plus admiratifs et respectueux maitres Pokémons en plus d'être un brillant savant, il était respecté de son entourage civil, et parfois même des Pokémons. Seulement, les expériences du professeur ne passaient pas inaperçu. Un groupe de malfrats tente de s'emparer des recherches du professeurs à des fins militaires.

Victor Slaydoom, charismatique leader du groupe terroriste "ForTheHumanFreedom" qui a longtemps été détesté par ses propres Pokémons, estimait que l'existence aussi puissante que le groupe Pokémon se devait d'être plus que dressé, cette existence devait être anéanti. Expert de la parole et de la manipulation corruptrice, Victor a sut étendre son influence en montant les citoyens contre les Pokémons par la peur et la rébellion. L'influence du groupe grandit de jour en jour. De là est créé la Team Némésis.

Les découvertes du professeur McDamon permirent à la team Némésis de développer un système d'arme élaboré basé sur des attaques Pokémons à partir de Pokéballs modifiées. En conséquence de cela, l'être humain était capable d'exploiter un potentiel destructeur équivalent, voire plus dangereux qu'un Pokémon lui même. Le potentiel destructeur était tel qu'il pouvait mettre en péril l'existence des Pokémons au point de causer leur extinction. Pour s'opposer à cela, plusieurs Pokémons légendaires décidèrent de porter assistance aux plus défavorisés, en s'organisant pour contrer la menace humaine qui se croyait pousser des ailes.
De là est née la Team Rédemption dirigée par Solgaleo voulant sauver les humains les plus braves et punir les destructeurs. En désaccord avec les principes conservateurs de Solgaleo, Lunala forme la Team Shadow dans le but extrémiste d'éradiquer tous les humains sans exception.

La guerre étant lancée depuis près de 20 longues années entre le potentiel magique des Pokémons contre le potentiel technologique des humains, qui l'emportera ?

Chapitre 1 : Insurrection

A défaut de pouvoir s'attribuer des capacités Pokémons, la Team Némésis parvient à perfectionner un système d'armement élaboré à base de Pokéballs pour en faire des armes à feu générant des attaques de Pokémons en tout genre. Pour y parvenir, ils ont tout de même besoin de Pokémons et de les capturer. Pour parvenir à leurs fins, la team Némésis met au point un système de recrutement pour étendre leur influence par la peur, persuadant de ville en ville que les Pokémons constituent des dangers.
Via de fausses accusations et des attentats par attaques Pokémons falsifiés, la Team Némésis agrandit son territoire pour ternir la réputation Pokémon.
Peu à peu, le commun des dresseurs disparaît, se retrouvant enrôlé comme dans l'armé chez la Team Némésis. Ceux qui ont refusé de croire en la folie des Pokémons sont restés des Dresseurs Opportunistes. Il en allait de même pour les Pokémons qui estimaient que les humains n'étaient pas tous mauvais, de là sont restés le commun des Pokémons Opportunistes.

Il est temps de choisir un camp, le bon camp.